有些人认为，阴阳眼的现象来自精神分裂症或其他精神疾患造成的幻觉和妄想。由于十分逼真，使得看到的人能十分具体地描述，取信于人。也有人认为阴阳眼源于眼球疾病邦纳症候群。有些人的视网膜失去了一部分的视物功能，那一部分的眼球便出现了幻觉。但是这些说法并不能够解释，为什么两个有阴阳眼的人，在未交流的情况下会看到同一样东西。虽然阴阳眼并未得科学证实，但在许多宗教中，都有能够用肉眼看见灵体的人物。这些人通常都是神(如基督教中的耶稣)，先知，或有神性的人物。而佛教中的五眼和“天眼通”，也能视为阴阳眼的解释。但是天眼不是阴阳眼，天眼具有千里眼、透视眼、阴阳眼等功能，而阴阳眼不具有天眼的全部功能。