据联合国粮农组织估计，全球农作物品种中已经有四分之三停止种植。基因僵化后，农作物更易受疾病、害虫、干旱或者其他威胁侵害。末日种子库能够保护农作物的基因多样性，对确保未来粮食安全至关重要。
在所属农作物品种消失或者遭到破坏之后，末日种子库的种子可以帮助恢复这个品种，扮演着拯救者的角色。这座种子库的作用就像是银行的保险箱，寄存者在任何时候都拥有取走种子的权利。在没有获得寄存者允许的情况下，其他任何人都不能取走种子。
末日种子库的储藏室温度保持在零下18摄氏度。存放种子的盒子进行真空密封处理，用以限制氧气透过量和降低代谢活动。在位于一条125米长的隧道末端的储藏室，即使不使用电动制冷装置时的温度也不会超过零下3.5摄氏度。种子库的安全设施包括运动传感器和网络摄像头，用于监视大门；当地机场的控制塔也可以直接监视种子库。
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